Fiul cel mare al lui Alexandru Lăpușneanu, considerat întotdeauna legitim, deşi s-a născut înainte de căsătoria tatălui său cu Ruxandra (1538-1570), fiica lui Petru Rareș, care a avut loc abia în ianuarie 1556 („în acest an s-a cununat cu doamna sa Roxanda, în anul 7064 luna întâia", spune inscripţia unui epitaf dăruit cu acest prilej de Lăpuşneanu mănăstirii sale Slatina) a văzut lumina zilei în august 1554. Cronicarul oficial al lui Alexandru Lăpuşneanu, Eftimie, cel mai bine informat izvor contemporan, indicând chiar şi luna calendaristică, mărturiseşte că „fiind în al doilea an al domniei, lui Alexandru voievod i s-a născut un copil scump şi prea dorit şi fiu prea iubit, Bogdan voievod, în luna august" (Cronicile slavo-române, p. 116, 125; i se spune, de altfel, „copil", adică fiu născut în afara căsătoriei, cum şi era pe atunci). In urma acestei naşteri, la 3 septembrie 1554, Lăpuşneanu a întemeiat mănăstirea Slatina, între cele două evenimente fiind desigur o legătură.
Preotul armean din Cameniţa Podoliei, care l-a cunoscut aici pe Bogdan la 17 septembrie 1571, afirmă că atunci acesta era "de abia de 17 ani, însă avea un corp regulat şi era frumos".
La 20 august 1571, G. Vasari, secretarul ungur al episcopului catolic de Cameniţa, relata legatului papal din Polonia că voievodul Bogdan, care ţine "legea greacă", este favorabil ajutorării celor de credinţă catolică, "şi este de circa optsprezece ani" (et est annorum circiter decern et octo). E vorba deci de o aproximaţie apropiată, care astfel nu contrazice primele două relatări mai exacte.
Tot de o aproximaţie este vorba şi în relatarea târzie a lui Grigore Ureche, pentru care Bogdan vodă era "cocon brudiu" (necopt), "de 15 ani" la ridicarea în domnie, la 1568 (Letopiseţul, p. 193), de unde ar rezulta anul naşterii 1553, foarte apropiat de cel adevărat.
In realitate, la luarea domniei, în martie 1568, Bogdan Lăpuşneanu avea doar 13 ani şi 9 luni, fiind, aşadar, minor, chiar după concepţia de atunci. Un frate vitreg mai mare, lonaşcu, fiu nelegitim al lui Alexandru Lăpuşneanu, care, după obicei, îl trimisese un timp ostatec la Constantinopol, murise însă de curând, la 1566-1567, şi oricum el nu ar fi avut dreptul la tron cât timp trăiau descendenţii legitimi ai tatălui său.
S-a susţinut mai demult că în 1566 el s-ar fi aflat la Moscova, ca rudă pe linie maternă a soţiei ţarului Ivan cel Groaznic, Elena Glinski, stăpânind chiar o feudă, Luh.
Inainte de 5 martie 1567, căzând „în boală rea şi de moarte şi prevăzându-şi moartea", Alexandru Lăpuşneanu a convocat sfatul domnesc lărgit pentru 9 martie. In cadrul acestuia, la fel ca odinioară bunicul său Ștefan cel Mare, el a cerut membrilor, înalte feţe bisericeşti şi dregători de toate gradele, să-l aleagă pe fiul său Bogdan drept moştenitor al tronului şi i-a dat acestuia „schiptrul singurei stăpâniri", simbolul intern al domniei antocrate, renunţând astfel el însuşi la tron. O însemnare slavonă pe un Sbornic slavo-român din Transilvania mărturiseşte că „în anul 7076 (= 1568), luna martie, în 9 zile primi domnia dreptcredinciosul Ion Bogdan voievod al Ţării Moldovei fiul preacucernicului Alexandru numit monahul Pahomie".
Chiar înaintea acestei date, Alexandru Lăpuşneanu a trimis o solie la Poartă, cerând sultanului să acorde domnia Moldovei fiului său cel mare Bogdan, chiar "în timpul vieţii sale, fiind el fără putere" (Hurmuzaki, III , p. 578). Apoi, după sfatul domnesc lărgit de la 9 martie, s-a călugărit şi la 11 martie a închis ochii.
După moartea fostului domn boierii nu şi-au ţinut întru totul cuvântul, unii susţinând candidatura marelui vornic al Ţării de Jos Ionaşcu Zbierea. Bogdan Lăpuşneanu se considera însă voievod, intitulându-se ca atare („Bogdanus, Dei gracia Wayvoda verusque heres regni Moldavie et cetera") la 16 martie 1568, două zile după înmormântarea tatălui său, a cărui moarte o anunţa atunci saşilor bistriţeni (Hurmuzaki, XVI , p. 628-629). In cadrul adunării elective, care a urmat la o dată necunoscută, dar apropiată în timp, Dumitru marele hatman şi Gavrilaş mare logofăt s-au ridicat însă împotriva lui Zbierea, a cărei candidatură a fost respinsă şi sfatul domnesc l-a "ales" domn pe Bogdan (Călători străini, II, p. 391).
Se pare că au fost şi unele neînţelegeri şi cu fratele său Petru (Mihail-Petru), îndepărtat la Bârlad, de unde, temându-şi viaţa, a fugit la Poartă. Fiind prea tânăr, „brudiu" (necopt), cum spune Grigore Ureche (Letopiseţul, p. 193), vreme de doi ani şi nouă luni, până la 12 noiembrie 1570, când a murit de boală, doamna Ruxandra a executat o adevărată tutelă asupra fiului ei. "Era ocârmuitoarea domniei mama lui, Roxanda, iar îndrumători erau Gavriil logofătul şi Dimitrie hatmanul şi doamna cârmuitoare peste toţi — subliniază Azarie — Căci era cu minte de bărbat, cu suflet mare, împodobită cu înţelepciune [...] împreună fiul şi mama au stăpânit doi ani şi nouă luni" (Cronicile slavo-române, p. 135, 147). Grigore Ureche preia această apreciere, rezumând-o doar.
Deşi la moartea soţului ei nu avea decât 30 de ani, doamna Ruxandra "era foarte neputincioasă cu trupul şi întotdeauna îşi odihnea corpul pe aşternut moale" (Azarie). A murit la 32 de ani, răpusă de o boală cronică necunoscută şi, desigur, slăbită de multele naşteri, lăsându-l pe tânărul Bogdan voievod la numai 16 ani singur, cu un sfat domnesc în care de la începutul domniei se înfruntau pentru întâietate orgoliile unor mari dregători şi înalţi prelaţi (Călători străini, II, p. 392).
Incă de la 24 martie 1564 Alexandru Lăpuşneanu stabilise printr-un testament ordinea succesiunii la tron a fiilor săi, pe care îi socotea legitimi, în frunte cu Bogdan, propunându-le acestora pentru respectarea voinţei sale sprijinului înaltei Porţi şi al sultanului, şi numai dacă Poarta nu-i putea ajuta, îi sfătuia să facă apel la împăratul Austriei, regii Poloniei, Franţei, Angliei, sau la dogele Veneţiei (Hurmuzaki, III , p. 532). Oricum a variat apoi în acte ordinea succesiunii fiilor săi, în concepţia lui Lăpuşneanu, Bogdan s-a aflat mereu în frunte. Inaintea morţii, grijuliul părinte, renunţând la domnie în favoarea acestuia, cum am văzut, consecvent concepţiei sale asupra priorităţilor politice, s-a adresat înaltei Porţi pentru trimiterea steagului de domnie. Din păcate n-a mai apucat să vadă solicitudinea cu care Selim II a răspuns cererii sale, probabil temându-se, nu fără temei, de o eventuală ingerinţă a Poloniei .
La 25 martie 1568, după numai 11 zile de la înmormântarea lui Alexandru Lăpuşneanu, sultanul anunţa regelui Poloniei şi hanului crâmlean că domnia Moldovei „a fost acordată fiului său Bogdan şi i s-a trimis împărătescu nostru steag" (Mustafa A. Mehmed, Documente turceşti, I, p. 85-86). Insă tot cu această ocazie apare menţiunea pentru prima dată a „dării firmanului" pentru domnie, deşi e prezentată ca un obicei "din zile vechi".
De fapt, ceauşul Geafer, care aducea lui Bogdan confirmarea în domnie, a plecat spre Moldova după 24 martie 1568, iar Sinan aga, care purta steagul şi celelalte însemne de învestitură, la 11 aprilie. Oricum pentru aceasta s-au plătit în secret marelui vizir Sokollu Mehmed paşa 30000 de ducaţi, iar tributul de 35000 de ducaţi a fost sporit cu 5 000 de ducaţi (Hurmuzaki, III , p. 579).
Numai că Bogdan Lăpuşneanu n-a ştiut să profite de bunele relaţii cu Poarta, moştenite de la tatăl său. Deşi a beneficiat de o educaţie aleasă, Azarie relatând că împreună cu fratele său Petru „au fost bine crescuţi şi daţi să înveţe cărţile şi învăţăturile ortodoxiei", „şi era un tânăr bine făcut şi nu-i dăduse încă musteaţa; la început era cu suflet drept, învăţat în cărţi şi nehrănind rele într-însul, ci milostiv şi blând, întru totul era următor în obiceiuri învăţăturilor tatălui său, arătând şi vitejie, căci era cu inimă vitează, învăţat în a învârti lancea şi a întinde arcul în coarde, aruncând săgeata" (Cronicile slavo-române şi Grigore Ureche). Altfel spus, era un tânăr cavaler învăţat şi bun mânuitor al armelor, după moda nobilimii polone din epoca Renaşterii poloneze.
Numai că tocmai această orientare spre Polonia i-a atras mazilirea din partea Porţii, care nu era dispusă să cedeze nici o palmă din influenţa sa asupra Moldovei. La care s-a adăugat şi nemulţumirea boierimii vârstnice, înlocuită în anturaj şi favoruri, după moartea doamnei Ruxandra, de adolescentul voievod de 16-17 ani cu tineri apropiaţi ca vârstă, îndeosebi poloni, luându-şi în cele din urmă "sfetnici leşi", cu care risipea averea domnească (Azarie, în Cronicile slavo-române, şi Grigore Ureche, Letopiseţul, critică vehement această atitudine), astfel încât, după Ureche "năpusti trebile ţarâi, că pre cât îl iubiia întâi, pre atâta îl urâsă apoi". Toate acestea erau adevărate, de vreme ce le confirmă întru totul relatările independente ale unui contemporan avizat, precum polonul Leonard Gorecki, care vorbeşte de dispreţul lui Bogdan faţă de turci, de nemulţumirea sultanului Selim pentru pacea perpetuă încheiată cu regele Sigismund II August, de ura faţă de el a boierilor moldoveni "pentru că se dăduse cu totul în amiciţia polonilor, le făcuse stipendii militare şi-i ţinea la el cu multă libertate" (Al. Papiu Ilarian, Tesauru de monumente istorice pentru România, III).
Motivele imediate ale mazilirii lui Bogdan Lăpuşneanu erau legate de conflictele cu ceauşii turci trimişi mereu pentru a-l aduce la ordine, înlocuirea gărzii turceşti, moştenite de la tatăl său, cu 400 de călăreţi poloni, şi a unor dregător bătrâni cu străini (poloni), rudele celor îndepărtaţi sau chiar ucişi plângându-se la Poartă.
Inainte de 15 iulie 1571, Bogdan Lăpuşneanu s-a retras de la Iaşi la Hotin, unde a rămas până înainte de 29 decembrie, din cauza conflictului deschis cu boierii, dintre care unii doreau în ascuns venirea pretendentului Ion, susţinut de Poartă, şi unde ar fi vrut să se căsătorească cu fiica cancelarului polon Valentin Dembinski. La 22 septembrie 1571 soseşte la Cameniţa, unde rămâne trei zile, întărindu-şi legăturile cu polonii, revenind apoi la Hotin, unde a adunat 3000 de poloni, cu care ar fi vrut să se întoarcă la Iaşi, pentru a înfrânge pe boierii care doreau instaurarea pretendentului susţinut de turci, refuzând să se întâlnească la Iaşi ca ceauşul trimis în noiembrie 1571 la reşedinţa domnească pentru cercetarea situaţiei.
Abia în a doua jumătate a lui decembrie 1571 Bogdan Lăpuşneanu a primit la Hotin delegaţia boierilor partizani ai Lăpuşnenilor, în frunte cu mitropolitul, care după ce a jurat de trei ori că nu vor atenta la viaţa sa, l-au determinat să revină la Iaşi, înainte de 29 decembrie 1571. Toate acestea, căci „umbla pe aici şi pe acolo, plimbându-se pe la marginile Ţării Leşeşti, supărând pe cei înţelepţi şi pe popor", l-au determinat pe sultan, care, în plus, nu era de acord cu căsătoria lui Bogdan cu o nobilă poloneză, să-l înlocuiască în domnie cu vărul său Ion (viitorul Ioan Vodă cel Viteaz) în cursul lunii decembrie 1571.
La 1 ianuarie 1572 un sol muntean îl anunţă pe Ştefan Bathory că trupele turceşti din sangeacurile de la hotar se adună la Dunăre pentru a-l însoţi pe Ion şi domnul Ţării Româneşti, Alexandru al II-lea Mircea, trebuia să-l ajute la luarea domniei în Moldova. Episodul care urmează, părăsirea domniei de către Bogdan Lăpuşneanu, e greu de desluşit, din punctul de vedere al acestuia.
Deşi noul domn Ion vodă plecase din Adrianopol spre Moldova la 31 ianuarie 1572 cu ieniceri şi spahii, şi este dificil de crezut că Bogdan nu ştia despre aceasta, totuşi, în loc să strângă oaste pentru a încerca o împotrivire, după 20 ianuarie 1572, când se mai afla la Iaşi, el a plecat în Polonia spre a se căsători cu fiica lui Jan Tarlo, stegarul de Liov. Să fi fost aceasta doar o retragere deghizată?
La 15 februarie 1572, la Constantinopol, se ştia că "era fugit" (era fuggito) (A. Veress, Documente, I, p. 308). De aceeaşi părere este şi Azarie, care spune că auzind de sosirea rivalului său la Dunăre „a plecat de bună voie şi s-a dus fugind în ţări străine" (Cronicile slavo-române, p. 136, 149). Doar Grigore Ureche crede că ar fi vrut să încerce o împotrivire cu ajutorul polonilor, zădărnicită de iuţeala cu care a înaintat Ion vodă (Letopiseţul, p. 195). Oricum, domnia sa luase sfârşit, chiar dacă Azarie socoteşte că stăpânirea sa a durat până în aprilie 1572 [după moartea mamei lui a domnit singur „un an deplin şi patru luni" (Cronicile slavo-române, p. 136,149), aşadar, până în aprilie 1572, după ultima sa încercare de a redobândi domnia].
In realitate, înainte de 28 februarie 1572, la Varşovia, se ştia că "sărmanul Moldovean care venea să se căsătorească cu consimţământul regelui", cu logodnica sa pe care o găsise în Rusia (Roşie, Halici), „la trecerea râului Nistru a fost atacat de domnul Cristofor Zborowski, urmărit şi închis", trebuind să-i plătească pentru răscumpărare 12000 de taleri şi să-i promită cumnatului acestuia 13000 de taleri. Zborowski, logodnicul unei surori a lui Bogdan, fusese chipurile jignit de ruperea logodnei la cererea fostului domn al Moldovei, dar mai pe urmă s-a aflat că era plătit de Ion vodă, toată acţiunea fiind de fapt o atragere în capcană a tânărului domn. Fiind priceput în mânuirea armelor, Bogdan s-a împotrivit capturii, fiind rănit îndeosebi la cap.
A rămas în captivitate circa o lună, după care, cu ştirea regelui Sigismund II August şi cu sprijinul lui N. Mielecki, hatmanul Coroanei şi voievodul Podoliei, şi al hatmanului cazacilor nizovi (zaporojeni), Temriuk Piatigoreţ, în martie-începutul lui aprilie 1572 a organizat o expediţie în Moldova, pentru redobândirea tronului; la 11 aprilie 1572 ştiindu-se la Varşovia că acesta izbândise. Indată un sol polon a plecat la Poartă, stăruind în a doua jumătate a lui aprilie pentru reîntronarea lui Bogdan. In cele din urmă însă, după mijlocul lui aprilie, Ion vodă cu ajutoare turceşti, tătăreşti şi muntene a izbutit să-şi înfrângă rivalul lângă Ştefăneşti, iar turcii au trecut Nistrul, pustiind Podolia.
Cum turcii s-au grăbit, la începutul lui mai 1572, dar şi mai târziu, tot mai imperativ, să ceară la Varşovia extrădarea lui Bogdan Lăpuşneanu, afirmând însă că l-au iertat, la cererea regelui Poloniei care, la sfârşitul lunii afirma că nu ştie unde se află acesta, fostul domn al Moldovei nu s-a mai simţit în siguranţă în Polonia. In cele din urmă, cu ştirea lui Sigismund II August, care nu voia să-l predea sultanului, cu puţin înainte de moartea regelui (7 iulie 1572), a trecut în Transilvania, cu gând să ajungă în Ungaria Superioară, sub oblăduirea împăratului Maximilian II. La 27 august 1572 se ştia la Constantinopol despre înapoierea ceauşului cu scrisoarea regelui Poloniei în care acesta se scuza că retrăgându-se Bogdan în Ungaria, nu mai stătea în puterea sa să-l predea sultanului. Turcii mai aflaseră că din Polonia fostul domn al Moldovei trecuse prin Transilvania, fiind capturat, după porunca sultanului, de oamenii voievodului Ştefan Bathory de la care însă l-a răpit căpitanul imperial de Satu Mare (de fapt 27 de poloni, ajutaţi de germani, care l-au dus la Satu Mare sau la Caşovia). "Dacă e aşa — scrie sultanul împăratului, cerând extrădarea lui Bogdan în virtutea tratatelor — aceasta dovedeşte că el părăseşte Poarta noastră, de la care înaintaşii lui au avut atât bine, şi rătăcind din ţară în ţară, cu toată iertarea noastră stăruie în faptele sale rele".
Fireşte, imperialii au refuzat să-l predea, lansând zvonul, care circula la Constantinopol la 3 noiembrie 1572, că a fugit la ţarul moscovit. In realitate, la 10 decembrie 1572 Bogdan se afla la Caşovia, cerând colonelului Hans Rueber, comandantul armatei imperiale din Ungaria Superioară, ajutoare pentru o expediţie în vederea redobândirii Moldovei. Memoriul său semnat „Bogdan Despothovicz", probabil pentru a crea o legătură cu Despot Vodă, favoritul imperialilor, cuprindea nu mai puţin de 18 puncte.
Imperialii nu aveau decât să se descurce cu imputările turcilor pentru răpirea lui Bogdan. In contextul presiunilor Porţii pentru extrădarea lui Bogdan Lăpuşneanu din august 1572, alternate cu promisiuni de redobândire a domniei, dacă se prezintă la Poartă, venite în 1572-1574 din partea marelui vizir Mehmed Sokollu, care îi era rudă pe linie maternă, urmate de înlocuirea în domnie a lui Ion vodă cel Viteaz cu Petru Șchiopul, la 18 martie 1574, Bogdan începe să se agite. La începutul lui aprilie 1574 la Poartă se vorbea serios de readucerea sa în domnia Moldovei, şi el trece înainte de 18 aprilie 1574 pe la curtea imperială din Viena (A. Veress, Documente, I, p. 25). De fapt, în ianuarie 1574, când marele vizir i-a cerut principelui Ştefan Bathory să-l trimită pe Bogdan la Poartă pentru a-i acorda domnia Moldovei, principele declarând însă că acesta părăsise reşedinţa sa de la Eperjes (Presov, în Slovacia), fiul lui Alexandru Lăpuşneanu a trecut, desigur fără să ştie, pe lângă cea mai însemnată ocazie pentru a redobândi scaunul Moldovei.
La Viena a luat însă legătura cu solii ţarului moscovit Ivan cel Groaznic, o altă rudă a sa pe linie maternă, şi cum la Constantinopol din a doua jumătate a lui aprilie 1572 totul se redusese din nou la chestiunea extrădării sale, a hotărât să plece la Moscova.
La 18 mai 1574, la Poartă, se credea că e undeva în Germania. De fapt era în drum spre Danemarca. Boierii din anturajul său, Petru Albotă, Andrei Buzdugan şi loan Ştefan, cereau şi ei la 27 mai 1574 permis de liberă trecere spre a se înapoia acasă. Turcii nu l-au putut împiedica să plece la Moscova. Cel puţin un timp i-au pierdut urma, şi la 13 iulie 1574, la Poartă, se credea că de la Viena a trecut în Polonia, apoi în Boemia sau în Germania. In realitate, după ce trecuse prin stăpânirile regelui Danemarcei Frederic II, apoi pe la Rugodev (Narva) (13 iunie) şi Novgorod (29 iunie), la 10 iulie a ajuns la Moscova, iar la 19 a lunii a fost primit în audienţă de Ivan cel Groaznic. Ulterior, el însuşi a relatat că a fost primit de "marele cneaz nu numai cu cinste şi cu bine, ci i s-a acordat din acea zi două moşii importante, ca să-şi menţină rangul princiar, şi e onorat atât de mult încât după marele cneaz e considerat al doilea după hanul tătarilor".
Bogdan Lăpuşneanu a rămas la Moscova din iulie 1574 până la moarte, trei ani mai târziu. N-a renunţat nici aici la speranţa de a se întoarce în Moldova, spionii imperiali urmărindu-i acţiunile şi el însuşi rămânând în legătură cu Hans Rueber, comandantul imperial al Ungariei Superioare. De altfel, chiar ţarul îi scria în 1575 lui Hans Rueber în problema ajutorării „principelui moldovean Bogdan Despotovici".
Despre refugiul lui la Moscova ştiau, în octombrie 1574, atât boierii moldoveni, care îl preferau noului domn Petru Şchiopul, cât şi autorităţile de la Poartă, peste tot trecând drept un favorit al ţarului. Intr-adevăr, Ivan cel Groaznic scrisese în noiembrie 1574 senatorilor poloni în legătură cu o soră şi alte rude ale lui Bogdan, care se aflau pe lângă el, rugându-i să-i dea acestuia un castel în Polonia unde ar fi putut că trăiască liniştit. Ţarul însuşi îi dăruise două feude, între care Tarusa.
Tradiţia consemnată de Grigore Ureche spune că "bolnăvind de ochi" nu se mai gândea la domnie (Letopiseţul, p. 196), ceea ce pare destul de puţin probabil. Oricum, moartea sa în septembrie 1577 s-a datorat, foarte probabil, rănii de la cap primite în timpul atacului lui Cristofor Zborowski din februarie 1572. Prin testament lăsa dreptul de moştenire asupra scaunului Moldovei lui Ivan cel Groaznic şi o samă de bogăţii pe care ţarul le împărţise unor bisericii. Totuşi, urmaşii indirecţi au încercat să obţină cel puţin o parte din averea sa. In 1598, cancelarul şi marele hatman polon Jan Zamoyski îi scria lui Ieremia Movilă că Czolhanski, ginerele lui Orzechowski, acesta din urmă, la rândul său, ginerele lui Alexandru Lăpuşneanu, vroia să plece la Moscova pentru a cere lucrurile răposatului Bogdan. Zamoyski observa că soţia lui Czolhanski, descendentă a lui Lăpuşneanu, "este înrudită, după tatăl ei, Orzechowski din casa Fredro şi cu mine", şi cerea sprijinul domnului Moldovei pentru această acţiune.
Nu se ştie unde a fost înmormântat Bogdan Lăpuşneanu, desigur însă că mormântul i s-a aflat la Moscova.