Fiu nelegitim al lui Alexandru cel Bun cu o anume Stanca (căreia în Pomelnicul mănăstirii Bistriţa, ed. Damian P. Bogdan, Bucureşti, 1941, p. 50, 86, i se spune „doamna Stana", desigur pentru că a fost mamă de domn), s-a născut în 1411, după Letopiseţul anonim al Moldovei din secolul XV (Cronicile slavo-române), astfel că la data conflictului cu fratele său vitreg Ilia (Iliaș) şi a urcării în scaunul de la Suceava, avea 22 de ani.
Sub numele rutenizat de Steţco, tatăl său îi menţionează "credinţa" în fruntea sfatului domnesc, dar după "preaiubitul fiu al domniei mele, Iliaş voievod", singurul fiu asociat la domnie, cu titlul de "voievod", la 30 ianuarie 1425, amintindu-l anume din 1428 înainte destul de rar, mai adesea alături şi de ceilalţi fii Iliaş voievod, Petru şi Alexandru.
La începutul domniei fratelui său Ilia se dă o adevărată luptă pentru a-i fi amintită "credinţa" în actele domneşti înaintea lui Roman "voievod", fiul minor al domnului, socotit ca moştenitor al tronului, pentru ca în iunie 1433, jupan Steţco să fie amintit în actele domneşti după Roman, ceea ce reflectă ordinea succesiunii. După 15 iunie 1433 începe conflictul între cei doi fraţi, Ilia încercând să-l omoare pe Ştefan, şi în cele din urmă înecându-i mama, care trebuie să fi avut un anume rol în revolta fiului ei. Astfel că Ştefan (Steţco) a fugit în Ţara Românească la Alexandru I Aldea, cumnatul său, căsătorit, se pare, cu o soră bună a sa, revenind cu ajutoare muntene şi chiar turceşti, cu care l-a învins la Loloni, în septembrie 1433 pe fratele său Ilia, obligându-l să fugă în Polonia
Domnia lui Ştefan II începe o dată cu biruinţa de la Loloni asupra fratelui său Ilia voievod, care a avut loc în a 21-a lună de domnie a acestuia din urmă (Cronicile slavo-române), socotind de la 1 ianuarie 1432 inclusiv, adică în septembrie 1433. Primul său document păstrat este din 3 noiembrie 1433. După J. Dlugosz ar fi fost mai matur şi mai prevăzător decât fratele său Ilia, astfel că la începutul lui noiembrie cel târziu, şi-a trimis solii cu daruri bogate la regele Vladislav Jagiello, aflat la Leczyca, cerându-i să nu-l mai ajute pe Ilia, drept pentru care se oferă să-i depună omagiu de credinţă, după felul înaintaşilor, cerându-i să dea uitării pagubele făcute de tatăl său în Polonia în ultimul război din 1431-1432. Sfatul regelui îl determină pe Jagiello să accepte aceste propuneri, oprindu-1 pe rivalul său în Polonia (J. Dlugosz, Historiae polonicae, I, col. 640-641; Martin (Joachim) Bielski, Kronika polska, p. 623).
Drept urmare, după tratative purtate de solul polon Mihail Buczacki, staroste de Halici, la Suceava, în faţa căruia Ştefan II a depus jurământul de credinţă faţă de rege, acesta acordă lui Ştefan II, „iubitului nostru prieten", iertarea pentru faptele tatălui său, la care el nici nu ar fi participat, întărindu-i stăpânirea Ţării Moldovei în vechile hotare de la Nistru până la mare la 13 decembrie 1433. In aceeaşi zi şi magnaţii poloni garantează obligaţiile şi înţelegerile tratate de Mihail Buczacki, determinându-l pe Ştefan II, ca exact peste o lună, la 13 ianuarie 1434 să îşi asume credinţa jurată înaintea solului polon, făgăduind împreună cu boierii săi să depună personal omagiu şi jurământ de credinţă regelui, când acesta ar veni în Rusia (Rutenia).
Intre timp, paralel cu aceste acţiuni diplomatice, pentru a-şi dovedi buna-credinţă, în a doua parte a anului 1433 Ştefan II a nimicit pe tătarii aliaţi ai lui Swidrigiello, din nou răsculat, care se îndreptau spre Podolia şi a cucerit de la oamenii acestuia din urmă cetatea Braclaw pe care a predat-o regelui Poloniei.
Cu toate acestea, polonii nu l-au putut împiedica pe Ilia, fugit din prinsoarea de la Sieradz, să pătrundă în Moldova, fiind oprit doar lângă Suceava, la Dărmăneşti, la 1 februarie 1434, înfrânt şi silit să fugă la Colomeea, în Pocuţia. Ca şi cum nimic nu s-ar fi întâmplat, după Paşti (28 martie 1434), bătrânul Vladislav Jagiello se îndreaptă spre ţinutul Halici, unde ar fi trebuit să vină Ştefan II pentru depunerea omagiului. Lângă Grodek, pe la 23 aprilie se îmbolnăveşte, răcind noaptea în pădure unde ascultase cântecul mierlei, şi la 15 mai, pe când se afla la masă cu solii domnului Moldovei, care veniseră pentru a afla data stabilită pentru omagiu, paralizează, murind la 31 mai 1434.
Moartea marelui rege al Poloniei Vladislav Jagiello a adus din nou apă la moară lui Ilia. La dietina provincială (sejmik) de la Sieradz, la 8 mai 1435, s-a discutat despre eliberarea sa, susţinută viguros de prietena şi cumnata sa, tânăra văduvă, atunci în vârstă de 30 de ani, devenită regină mamă, Sofia, şi desigur, de fiul ei pe care îl tutela, noul rege Vladislav III, în vârstă de doar 11 ani. Solii lui Ştefan II s-au opus, reuşind să determine hotărârea menţinerii în prizonierat a lui Ilia. Nu e de mirare, deoarece Ştefan II se bucura de mare trecere în Polonia, astfel că, de pildă, reprezentanţii săi de vază la încoronarea lui Vladislav III au fost primiţi în audienţă protocolară la 24 iulie 1434, chiar în ajunul ceremoniei.
La câteva zile după ce a aflat hotărârea asupra sa luată în mai 1435 la Sieradz, Ilia, care era închis în această cetate sub paza starostelui P. Szafraniec, „la rugămintea fratelui său Ştefan", a fugit noaptea din cetate, când străjile aţipiseră, îndreptându-se spre Moldova, unde strângând oaste, a pornit războiul împotriva fratelui său şi, după M. Stryjkowski, „au scăldat în sânge toată Moldova".
Poate în legătură cu pătrunderea fratelui său în Moldova, Ştefan II se afla la 26 mai 1435 la Gura Başeului pe Prut, lângă Ştefăneşti, unde emite ultimele sale documente păstrate din această primă domnie, locul aflându-se în lungul unui drum important care venea din Polonia urmând cursul Prutului. Oricum, înfruntarea hotărâtoare între cei doi fraţi a avut loc la Podraga (Podriga) în ţinutul Dorohoi, la 4 august 1435 (nu „6944" = 1436, cum apare dintr-o eroare a copistului letopiseţului anonim din secolul XV), şi de data aceasta biruinţa a fost a lui Ilia voievod (Cronicile slavo-române, p. 6, 15. Grigore Ureche, Letopiseţul, p. 81, şi cei care l-au urmat, inversează eronat rezultatul bătăliei şi plasează o altă luptă sub data celei de la Podraga!), fratele său mai mic, care îşi încetează domnia în această zi, fiind nevoit să i se supună.
Letopiseţul anonim al Moldovei consemnează foarte exact, printre frânturile din vechile anale păstrate arbitrar de copişti, omiţând chiar numele lui Ştefan II, dar despre el este vorba, că „după războiul de la Loloni a stăpânit singur ţara 22 de luni" (Cronicile slavo-române), adică după septembrie 1433, când l-a biruit pe fratele său Ilia la Loloni, şi până în iulie 1435 inclusiv, nemaisocotind cele patru zile din august dinaintea înfrângerii de la Podraga. Ştefan II nu a căzut prizonier în această din urmă luptă, ci s-a retras spre sud, negociind cu fratele său învingător condiţiile înţelegerii, perfectate înainte de 26 august 1435, când se afla la Bârlad (Mihai Costăchescu), de unde putea uşor trece în Ţara Românească la sprijinitorul şi foarte probabil cumnatul său Alexandru Aldea.
După bătălia de la Pipereşti din 8 martie 1436, cu rezultat mai degrabă favorabil lui Ştefan II, se instaurează o domnie comună Ilia-Ştefan II, iar nu doar o asociere la domnie în sensul obişnuit.
Cronicarii poloni, în frunte cu Jan Dlugosz, afirmă că regele Vladislav III (nepotul de soră al soţiei lui Ilia) i-a împăcat pe cei doi fraţi după trimiterea mai multor solii, ceea ce poate fi adevărat. După care vorbesc însă de împărţirea Moldovei între ei, Ştefan II primind partea de Jos cu Cetatea Albă, în vreme ce Ilia a luat partea de Sus cu Suceava. Numai că din documentele emise de cei doi nu rezultă o asemenea împărţire teritorială. Domnia rămâne unică, chiar dacă exercitată de doi domni în acelaşi timp, fiecare cu coroana sa, dar bătând o monedă inscripţionată în comun — Ilia pe avers şi Ştefan pe revers (N. Grigoraş, Ţara Românească a Moldovei de la întemeierea statului până la Ştefan cel Mare).
Din 12 aprilie 1436 şi până la 1 august 1442, după documentele păstrate, cei doi, intitulându-se „domni ai Moldovei", rezidează în majoritatea timpului împreună, sau cel puţin astfel lasă să se înţeleagă din titlurile actelor lor, alternând Suceava cu Vasluiul, însă foarte curând dualitatea îşi pierde caracterul egalitar, şi chiar de la 23 mai 1436 Ilia începe uneori să se intituleze, însă numai în actele emise la Suceava, „domn al Ţării Moldovei", fratele său rămânând dar „Ştefan voievod", în plus, introducând şi „credinţa preaiubitului fiu al domniei mele, Roman", care atunci avea zece ani, ceea ce arată gânduri de succesiune ereditară. Mai mult chiar, de la 30 noiembrie 1436 „Ilia voievod, domn al Ţării Moldovei", începe să emită chiar documente singur, tot de la Suceava, şi doar în patru cazuri de la Gura Cracăului, Bârlad, Dorohoi şi Neamţ, menţionând numai „credinţa" fiului său Roman. Cât despre Ştefan II, acesta a respectat în mai mare măsură înţelegerea cu fratele său mai vârstnic, aproape toate actele emise la reşedinţa sa de la Vaslui, menţionându-i pe ambii la egalitate cu titlul de „voievod". Excepţiile fiind puţine: privilegiul extern acordat negustorilor din Braşov şi Ţara Bârsei la 23 aprilie 1437, şi doar trei acte interne din 1439 şi 1440, în care se intitulează singur „Ştefan voievod şi domn al Ţării Moldovlahiei" sau Moldovei.
Oficial, dualitatea puterii s-a păstrat în intervalul 1436-1442, care a fost şi o perioadă mai lungă de pace în ţară, ba încă la 19 august 1437 fiecare din cei doi fraţi apare cu acelaş titlu de domn: „Ilia voievod, domn al Ţării Moldovei, şi fratele domniei mele, Ştefan voievod, domn al Ţării Moldovei", dar este evident că Ilia se considera deasupra fratelui său.
Cei doi s-au deosebit şi în ceea ce priveşte depunerea omagiului şi a jurământului de credinţă faţă de tânărul rege al Poloniei. Deşi, după J. Dlugosz, acestea au fost solicitate ambilor fraţi, doar Ilia s-a prezentat în persoană la Liov, însoţit de "cavalerii" (riteri) şi boierii săi, depunând omagiul şi jurământul înaintea regelui, în cadrul unei fastuoase ceremonii feudale, descrisă pe larg de cronicarul polon, la 18 septembrie 1436, urmată a doua zi, după ce Vladislav III îi dăruise ca loc de refugiu oraşul Halici, de o mare petrecere dată de Ilia în cinstea regelui şi a nobililor săi. Ştefan, despre care Dlugosz scria că „era bărbat adevărat şi constant şi întrecea mult pe Ilia în deşteptăciune şi fapte", a promis doar prin solii săi că va veni să depună omagiu, astfel că oferta sa a fost respinsă. Date puţin deosebite şi informaţii care însă nu apar în actele de consemnare a omagiului depus de Ilia în septembrie 1436, despre un aşa-zis "tribut" promis regelui, dintr-un calendar ceh de la începutul secolului XVI, la Tr. Ionescu-Nişcov, Un aspect al relaţiilor româno-polone la mijlocul secolului al XV-lea, în „Rdl", XXVII (1974)', nr. 12, p. 1747, 1752-1753.
Tot cu această ocazie, prin actul scris la Liov la 23 septembrie 1436, Ilia cedează regelui Vladislav III Ţara Şepeniţului cu cetăţile Ţeţina şi Hmelov, la care adaugă Hotinul, sub pretextul despăgubirii Coroanei pentru arderea Colomeei şi Sniatynului de către Alexandru cel Bun, de fapt pentru a-şi pregăti un loc de refugiu la hotarul Poloniei în cazul unui nou conflict cu Ştefan II, cum, de altfel, s-a şi întâmplat.
Totuşi regele Poloniei evita să se implice în evenimentele din Moldova, şi deşi în septembrie 1439 atât Ilia cât şi Ştefan II au trimis jurăminte de credinţă scrise lui Vladislav III (Mihai Costăchescu), acesta nu i-a ajutat cu prilejul atacurilor tătăreşti asupra Moldovei din noiembrie 1439 şi decembrie 1440 (Cronicile slavo-române). Parcă presimţind evenimentele care aveau să-l înlăture definitiv din domnie, Ilia încheie o alianţă, de data aceasta la nivel de egalitate, cu marele cneaz al Lituaniei Cazimir, fratele regelui, al cărui text datează din 9 februarie 1442, în vreme ce versiunea lituană a tratatului e din 8 iulie acelaşi an (Mihai Costăchescu). Nici acesta nu i-a fost însă de folos.
Sfârşitul domniei comune a lui Ilia cu Ştefan II care a urmat după 1 august 1442, când cei doi emit încă un document la Vaslui ca „domnii Ţării Moldovei ", şi înainte de 21 septembrie 1442, când Ştefan domneşte singur nu este cunoscut. Desigur, Ştefan II l-a înlăturat din domnie cu forţa, dar nu avem nici o dovadă că în această acţiune ar fi fost implicat şi un alt frate al lor (frate bun cu Ilia şi doar după tată cu Ştefan), Petru al III-lea, cel născut în 1422, aşa cum s-a presupus, căci între 21 septembrie 1442 şi 6 martie 1443, când Petru apare ca asociat la domnie al lui Ştefan II, vreme de cinci luni şi jumătate, lipsesc documentele interne. Mai degrabă această absenţă a documentelor ar putea fi legată de eventuale lupte între Ilia şi Ştefan II, care au putut duce la alungarea celui dintâi din scaun.
In urma îndepărtării lui Ilia, după 1 august 1442, când acesta şi fratele său Ştefan, „domnii Ţării Moldovei", emit la Vaslui ultimul document cunoscut din domnia lor comună, Ştefan II rămâne singur domn, păstrând această calitate până la moartea sa violentă în 1447. Ca atare, rezidează prioritar la Suceava, după documentele păstrate începând din 16 aprilie 1443, dar vizitează şi alte cetăţi sau curţi domneşti.
Pe lângă pretendenţa fratelui său mai mare Ilia, refugiat în Podolia, de unde a revenit în mai 1444 pentru a-şi redobândi scaunul, dar a fost prins şi orbit de Ştefan II la 29 ale lunii, din 1443 îşi face apariţia un al treilea frate vitreg, Petru al III-lea, în vârstă de 21 de ani, dornic să obţină şi el scaunul Moldovei, care, până la îndepărtarea sa în mai 1445, îi va da destulă bătaie de cap, cum vom vedea.
O lună după respingerea şi orbirea lui Ilia, la 25 iunie 1444, Ştefan II încheie un tratat de „prietenie" la nivel de egalitate cu Cazimir, marele cneaz al Lituaniei, jurând să-şi dea ajutor reciproc împotriva oricui, însă în ceea ce-l priveşte pe Cazimir cu excepţia regelui Poloniei şi al Ungariei şi a hanului Hoardei de Aur, în legătură cu care domnul Moldovei va primi doar sprijin diplomatic (Mihai Costăchescu, Documentele moldoveneşti înainte de Ştefan cel Mare, II. Actul scris la Iaşi arc văleatul greşit, „6953" (1445), în loc de 6952 (1444), deoarece se referă la „craiul Poloniei şi al Ungariei", Vladislav III, care a murit în bătălia de la Varna, din 10 noiembrie 1444, iar fratele şi urmaşul său Cazimir era doar mare cneaz al Lituaniei). Un an mai târziu, la 26 noiembrie 1445, Ştefan II se întâlneşte la Şiret cu reprezentanţii lui Cazimir IV, acum rege al Poloniei, jurând credinţă acestuia.
Nu se cunosc împrejurările în care şi-a pierdut domnia şi viaţa. O însemnare slavonă pe un manuscris religios din 1443 de la mănăstirea Neamţ arată că „In anul 6955 (1477) luna iulie 13 zile s-a tăiat capul lui Ştefan voievod, domnul Ţării Moldovei, fiul lui Alexandru voievod, de Roman voievod, fiul lui Ilia voievod şi a fost îngropat în mănăstirea Neamţ, în aceeaşi lună iulie, în 16 zile" (P.P. Panaitescu, Manuscrisele slave din Biblioteca Academiei R.P.R., I,; N. Iorga, Istoria ţerii prin cei mici, în "RI", VII (1921)). Datele acesteia nu pot fi puse la îndoială. Nu se poate crede că cel care a făcut însemnarea pe un manuscris de curând terminat la mănăstirea Neamţ, desigur sub impresia execuţiei până atunci neobişnuite şi a înmormântării aici a lui Ştefan II, nu ştia, sau s-ar fi putut înşela, asupra persoanei care ordonase execuţia, pe atunci un adevărat eveniment pentru întreaga ţară. Autorul însemnării trebuie să fi fost unul din acei dieci de limba slavă din şcoala stareţului Teoctist, viitorul mitropolit al Moldovei, care funcţiona pe atunci în mănăstire, şi înscrisul său se afla chiar pe o lucrare din acea vreme a lui Gavril Uric (Constantin Prisnea, Mănăstirea Neamţ, Bucureşti, 1964). De altfel, datele ei sunt confirmate şi de inscripţia pusă deasupra mormântului de Ștefan cel Mare, care arată că unchiul său a fost într-adevăr îngropat aici la 16 iulie (Repertoriul obiectelor şi monumentelor de artă din timpul lui Ştefan cel Mare, Bucureşti, 1958, p. 273).
Şi cronicile interne din veacul XVI ştiu că lui Ştefan „i-a tăiat capul Roman al II-lea voievod, fiul lui Iliaş voievod" (Cronicile slavo-române). Iar Grigore Ureche vorbeşte chiar de un complot organizat la curtea domnească de fiul lui Ilia: „Roman vodă, ficiorul lui Iliaş vodă, neputându răbda atâta nedumnezeire a unchi-său, s-au vorovitu cu o samă din curtea domnească şi au prinsu pre unchi-său, pre Ştefan vodă, şi i-au tăiatu capul şi s-au apuc atu Roman de domnie, leatul 6956" (Letopiseţul, p. 84). Informaţia despre complot poate fi reală, deşi împrejurările concrete în care fiul lui Ilia a luat legătura cu boierii complotişti, şi cum de Ştefan II a ajuns să fie îngropat la mănăstirea Neamţ, nu ne sunt cunoscute. E adevărat însă că domnia lui Roman fiul lui Ilia e documentată la începutul lui 1448. Numai că în intervalul dintre 13 iulie 1447 şi începutul lui 1448 izvoarele documentare ale vremii indică, după cum vom vedea, o altă succesiune.
După execuţia din 13 iulie 1447, trupul decapitat al lui Ştefan II a fost îngropat, după însemnarea amintită mai sus, „în mănăstirea Neamţ, în aceeaşi lună iulie, în 16 zile", aşa cum confirmă inscripţia pusă de Ştefan cel Mare pe mormântul unchiului său la sfârşitul secolului XV.
Mormântul s-a aflat iniţial în biserica veche a mănăstirii Neamţ, înălţată foarte probabil de Petru al II-lea (fiul Mușatei), de la care datează prima danie de sate pentru mănăstire, aflată pe locul central ocupat în epoca modernă de biserica Sfântul Gheorghe, demolată în 1954 si reclădită pe partea de est a chiliilor. Ulterior, Ştefan cel Mare a mutat mormântul unchiului său Ştefan II în biserica considerată astăzi cea mai însemnată ctitorie a sa, sfinţită la 14 noiembrie 1497, după biruinţa din Codrul Cosminului. Pentru acest mormânt a fost construită şi gropniţa (camera mormintelor) dintre pronaos şi naos, acesta fiind singurul loc de veci domnesc pe care l-a adăpostit, sub o arcadă înglobată în zid, pictura gropniţei aparţinând tot sfârşitului domniei lui Ștefan cel Mare(Constantin Prisnea, Mănăstirea Neamţ).