Intâiul născut al lui Bogdan al III-lea, dintr-o legătură nelegitimă cu o oarecare Stana, cu care ulterior a avut şi alţi copii, a fost surprins de moartea neaşteptată a tatălui său la o vârstă fragedă, care însă nu poate fi stabilită cu precizie, înainte de a fi măcar asociat la domnie. De unde şi numele Ştefan voievod cel Tânăr pe care i-l dă contemporanul său, ieromonahul cronicar Macarie de la Neamţ (Cronicile slavo-române), Letopiseţul Putna II şi cronica lui Grigore Ureche (Letopiseţul), pentru ca rude apropiate să-l numească spre sfârşitul secolului XVI Ştefăniţă (Ştefan S. Gorovei), diminutiv folosit desigur în familie.
Nefiind fiu legitim, data naşterii nu i-a fost consemnată în cronici, părerile contemporanilor despre vârsta sa fiind aproximative. Astfel, Macarie ştia că la luarea domniei în aprilie 1517 avea 9 ani (Cronicile slavo-române, p. 78, 92), fiind deci născut în 1508; ambasadorul ducatului Modena în Polonia considera la 13 iulie 1521 că „acum este de 18 ani" , plasând, aşadar, naşterea sa în 1503; un izvor polon din 1517 menţiona că la luarea domniei avea 11 ani (Hurmuzaki, II 3 , p. 248), fiind astfel născut în 1506, părere exprimată indirect şi de nunţiul papal de la Buda, la 18 iunie 1526, când afirma că era atunci de vârsta regelui Ungariei Ludovic II, care se născuse în 1506 (Ştefan S. Gorovei, Muşatinii, p. 77). In sfârşit, Grigore Ureche înregistrează ştirea că după campania în Polonia din iunie 1509, tatăl său Bogdan III „ş-au luat doamnă din ţară şi au făcut pre Ştefan vodă cel Tânăru"; se înţelege naşterea acestuia din urmă putând fi plasată cel mai devreme şi prima parte a anului 1510 (ştire contestată însă, fiind vorba de căsătoria lui Bogdan cu doamna Nastasia, care nu era mama lui Ştefăniţă, cf. Ştefan S. Gorovei).
Aşadar, lăsând la o parte relatarea târzie şi confuză a lui Grigore Ureche, contemporanii lui Ştefăniţă au plasat naşterea sa în 1503, 1506 şi 1508. Dintre aceşti ani mai multă credibilitate au ultimii doi, deoarece polonii, care îi atribuiau la venirea sa în scaun 11 ani, erau vital interesaţi să cunoască cât mai aproape de realitate vârsta noului domn al Moldovei, ai cărui înaintaşi se dovediseră inamici redutabili, iar Macarie, care considera că în 1517 Ştefăniţă avea 9 ani, era un contemporan şi încă singurul dintre autorii ştirilor amintite trăitor în Moldova.
După obiceiul medieval românesc ridicarea la domnie a lui Ştefăniţă a avut loc chiar în ziua morţii tatălui său, la 22 aprilie 1517, desigur la Huşi, unde s-a produs decesul lui Bogdan III. Ambele letopiseţe de la Putna sunt de acord cu această dată: „în anul 7025 <1517> aprilie 22, a venit la domnie fiul său Ştefan voievod"; „Şi după dânsul a venit la domnie fiul lui, cu acelaşi nume ca bunicul său, Ştefan voievod cel Tânăr, aprilie 22" (Cronicile slavo-române), şi nici un alt izvor nu se împotriveşte acestei date.
Momentul următor, ungerea sau miruirea şi, se înţelege, încoronarea copilului de 9 sau 11 ani de către mitropolitul Teoctist II, a avut loc, tot după obicei, la Suceava (Macarie, în Cronicile slavo-române, p. 78,92; Grigore Ureche, op. cit., p. 143; Nicolae Costin, Letopiseţul, p. 344), desigur, peste câteva zile, necesare deplasării de la Huşi la reşedinţa domnească principală, pregătirii ceremoniei şi, fireşte, înmormântării lui Bogdan III la Putna.
Izvoarele nu înregistrează, de data aceasta, nici un fel de frământări la schimbarea domniei, cum au presupus unii istorici. Deşi Ştefăniţă era fiu nelegitim, el nu avea fraţi legitimi care să fie mai îndreptăţiţi ca el la scaunul domnesc, iar cei nelegitimi erau copii încă mai mici decât el. „A fost ales la voievodat prin acordul tuturor membrilor sfatului domnesc şi a nobililor acelei ţări", relatează în acelaşi an vicecancelarul polon P. Tomicki (Hurmuzaki).
S-a îngrijit de schimbarea lină a domniei, desigur, şi atotputernicul portar al Sucevei Luca Arbore, care a tutelat vreme de cinci ani, până în 1522, domnia iui Ştefăniţă, adică până când acesta a ajuns la vârsta de 14 sau 16 ani, considerată pe atunci potrivită pentru luarea efectivă a frâielor domniei. „Ce au crescut Ştefan vodă pre palmile lui — scrie Grigore Ureche —, avându atâta credinţă şi în tinereaţile lui Ştefan vodă toată ţara otcârmuia" (Letopiseţul, p. 145).
Domnia de „9 ani şi 9 luni" a lui Ştefăniţă a fost extrem de controversată în judecata istoricilor, mai cu seamă din cauza conflictelor sale cu marea boierime, Ştefăniţă a oscilat între vitejie şi talent militar, cruzime faţă de boieri şi o mare abilitate diplomatică, având câte ceva din caracterul bunicului său, Ştefan cel Mare, dar şi din cel al fratelui său vitreg, Alexandru Lăpușneanu. De aceea caracterizarea mai apropiată în timp a lui Grigore Ureche i se potriveşte foarte bine: „Acestu Ştefan vodă întru tot simăna cu firea moşu-său, lui Ştefan vodă cel Bun, că la războaie îi mergea cu noroc, că tot izbândiia şi lucrul său îl ştiia purta, măcară că era tânăr de zile, amintrilea era om mânios şi pre lesne vărsa sânge".
A murit la 14 ianuarie 1527 în cetatea Hotin, singurul izvor care consemnează data de zi fiind cronica lui Grigore Ureche, loc. cit., după un letopiseţ din secolul XVI, ulterior pierdut. Macarie ştie doar că a murit la Hotin „în anul 7035 (1527), luna ianuarie" (Cronicile slavo-române, p. 95), iar pe piatra sa de mormânt de la Putna data de lună şi ziua morţii sale sunt şterse prin frecare.
S-a stins foarte tânăr, la numai 19 sau 21 de ani, fără manifestările unei boli grave, de aceea faptul a dat, în chip firesc, de bănuit. Grigore Ureche înregistrează relatarea unui izvor narativ mai vechi: „Scrie la un letopiseţ moldovenescu, de zice că pre acesta Ştefan vodă l-au otrăvit doamnă sa", relatare cunoscută şi cronicii muntene atribuite lui Radu Popescu, Istoriile domnilor Ţării Româneşti, ed. Const. Grecescu, Bucureşti, 1963, p. 41, unde se menţionează că „de acest domn scriu moldovenii că l-au omorât doamnă-sa [...] (zău, de treabă jupâneasă moldoveancă să-şi omoare bărbatul!)".
Numai că această jupâneasă nu era moldoveancă, ci munteancă, fiica cea mare a lui Basarab al V-lea Neagoe, Stana, cu care Ştefăniţă se căsătorise în iulie 1526. Căsătorie oarecum silită, în legătură cu care au avut loc două războaie în cursul anului 1526 între Ştefăniţă şi Radu al V-lea de la Afumați, domnul Ţării Româneşti, care în toamna aceluiaşi an a luat de soţie pe Ruxandra, sora mai mică, şi se pare mai frumoasă, a Stanei. Rivalitate între cei doi domni nu a fost pentru, mâna Ruxandrei, cum se afirmă de obicei, ci din motive de prestigiu pentru domnul Moldovei, anume nerespectarea de către loan Zapolya, voievodul Transilvaniei, sub protecţia căreia se afla văduva Miliţa Despina cu cele două fiice Stana şi Ruxandra, a dreptului de alegere între cele două surori acordat de Neagoe Basarab lui Ştefăniţă. In ciuda acestui fapt Zapolya îngăduise aliatului său Radu de la Afumaţi să aleagă primul, la 17 ianuarie 1526, pe Ruxandra, încălcând dreptul lui Ştefăniţă, căruia îi revenea astfel fără alegere Stana. Au urmat cele două războaie şi prădăciuni de ambele părţi (Horia 1. Ursu, op. cit., p. 102-106). De altfel, din tot cursul anului 1526 lipsesc documentele interne în Moldova, probabil fiind foarte puţine, din scurtele răgazuri de pace, acestea nu au ajuns până la noi.
Din a doua campanie victorioasă în Ţara Românească, desfăşurată după 4 noiembrie 1526, Ştefăniţă, după relatarea lui Macarie, „s-a întors de acolo, purtând în trupul său boala, de care i s-a tras şi sfârşitul la Hotin" în ianuarie 1527 (Cronicile slavo-române, p. 81, 95). Cât timp a durat această misterioasă boală a unui tânăr războinic, în vârstă atunci de circa 20 de ani? Probabil din decembrie 1526 până la 14 ianuarie 1527. Moartea sa nu a fost fulgerătoare, fiind însă conştient de apropierea ei. A avut chiar timp să ceară boierilor să aleagă după moartea sa ca domn pe unchiul său dinspre tată, Petru Rareş. „Fiindu Ştefan vodă bolnav la Hotin, au lăsat cuvântu, ca de să va săvârşi el, să nu puie pre altul la domnie, ci pre Pătru Măjariul, ce l-au poreclit Rareş" (Grigore Ureche, op. cit., p. 148).
Interesant este că la 1856, cum vom vedea, comisia austriacă care i-a deschis şi cercetat conţinutul mormântului a găsit veşminte ale căror podoabe i-au părut a fi odăjdiile „celui mai înalt cin călugăresc", deşi în rest mormântul nu era de tip călugăresc, fără sicriu, ca în cazul celui al lui Ştefan cel Mare, altfel spus, aprecierea despre veşmintele sale pare mai degrabă rezultatul lipsei de cunoştinţe privitoare la costumul şi podoabele domneşti medievale ale românilor.
Să fi fost moartea sa provocată de o otrăvire lentă, foarte la modă în Europa acelei vremi? Doamna Stana să se fi răzbunat pentru umilinţele suferite fără voia ei în cursul anului 1526? Ce suferinţă, remuşcări, sau simplă dorinţă de linişte, au îndemnat-o pe tânăra văduvă să se reîntoarcă în Ţara Românească, călugărindu-se, pentru a muri doar patru ani mai târziu, la 8 februarie 1531, înmormântată alături de tatăl său în mănăstirea acestuia de la Curtea de Argeş? întrebări fără răspuns. Nu orice mort tânăr din familia domnească însemna că fusese otrăvit. Petru, fratele încă mai tânăr al lui Ştefăniţă, murise la 20 septembrie 1526 (Grigore Ureche, Letopiseţul, p. 146) de moarte naturală. Dar nici bănuiala de otrăvire a unui personaj atât de controversat ca Ştefăniţă, înconjurat de atâţia duşmani, nu poate fi înlăturată (cf. Paul Ştefănescu, Misterul otrăvirilor celebre, Bucureşti, 1996, p. 255).
De la Hotin, trupul neînsufleţit al lui Ştefăniţă a fost dus şi îngropat în partea de nord a pronaosului bisericii mănăstirii Putna. Lespedea funerară din gresie (144/61-51/26 cm) împodobită cu motive vegetale a fost pusă chiar în 1527 de Petru Rareş, care „a înfrumuseţat acest mormânt nepotului său Ştefan Voievod", lângă care va amplasa, doi ani şi jumătate mai târziu, şi mormântul doamnei sale Maria.
Mormântul său, al patrulea deschis şi inventariat de comisia imperială condusă de Anton Schonbach între 11-17 noiembrie 1856, a dat la iveală fragmente de veşminte bogat împodobite, care au părut austriecilor odăjdiile „celui mai înalt cin călugăresc", dar care aparţineau îmbrăcăminţii domneşti brodată cu fir de aur şi argint şi bogat ornamentată, podoabele de aur ale unei coroane, împodobite cu ametiste şi perle de mărimea unui bob de mazăre, o pafta în formă de castel ornată cu trei rubine, fragmente dintr-un lanţ de aur, multe rozete şi plăcuţe ovoidale de aur şi 157 de mărgăritare (Claudiu Paradais, op. cit., p. 51-52; idem, Mormintele voievodale de la Putna). O parte dintre acestea se păstrează şi astăzi în Muzeul mănăstirii Putna.