Era fiul lui Alexandru Callimachi (1795-1799). Domniile din 1802-1807 ale lui Constantin Moruzi in Moldova si Constantin Ipsilanti in Tara Româanească au fost intrerupte efemer, in august-octombrie 1806, de către Scarlat Callimachi si, respectiv, Alexandru Suțu.
Numit de turci in 1807, Scarlat nu a ocupat, de fapt, domnia, tara aflându-se sub cea de-a patra administrație militară rusă (noiembrie 1806-mai 1812), impusă de Moscova in timpul războiului ruso-turc din 1806-1812. A şi fost de altfel luat prizonier de ruşi.
După doi ani de captivitate, corespunzători unei vacanțe a tronului, "compensată" de o caimacanie (guvernare a unui locțiitor domnesc, aici mitropolitului Veniamin Costache) (1807-1812), Scarlat Callimachi a "revenit in octombrie 1812, intr-un moment dramatic pentru destinul Moldovei, la sfarsitul războiului ruso-turc "sancționat" de pacea de la Bucureşti (din 16/18 mai 1812). In urma intelegerii dintre ruşi si turci, tinutul dintre Prut si Nistru a fost anexat de catre Imperiul tarist, sub numele extins, la intregul teritoriu, de Basarabia. Pacea de la Bucureşti se impunea in fața iminentei campaniei in Rusia (iunie-decembrie 1812) a imparatului francez Napoleon I (1804-1814, 1815).
Un "precedent" diplomatic exista, pentru că același Napoleon I incheiase, in 1808, cu impăratul rus Alexandru I Romanov (1801-1825) o convenție prin care, printre altele, Franta consimțea ca Rusia sa anexeze Moldova şi Tara Románească. Ințelegerea de la Erfurt (din 12 octombrie 1808) nu mai era insa de actualitate.
In 5/14 ianuarie 1819, Poarta otomană a promulgat un regulament care stabilea că scaunele Moldovei și Tarii Româneşti, precum și dragomanatele (serviciile diplomatice) Divanului otoman aveau să revina, prin rotație, familiilor lui Scarlat Callimachi, Dimitrie Moruzi, Alecu și Mihai Suțu.
Considerat omul ruşilor, domnul fanariot a fost mazilit in septembrie 1819. In 1816-1818, a fost publicat la laşi Codul Callimachi, o culegere de legi de inspirație austriacă.
In 15 noiembrie 1813, Gheorghe Asachi (1788-1869), diplomat in inginerie si arhitectură la Lamberg (Liov), Inființa la Academia domnească din laşi un curs pregatitor de limba română in folosul inginerilor hotarnici, hotarare care punea bazele invatamântului superior in limba romană.
In 1816, din inițiativa lui Gheorghe Asachi avea loc la lasi prima reprezentație teatrala in limba ronmana: Mirtil si Hloe de scriitorul francez Jean-Pierre Claris de Florian (1755-1794).
