„Fiul marelui şi preabunului Ion voievod", adică al lui Ion vodă cel Viteaz din Moldova, cum afirmă în primul act păstrat de la el, emis la Bucureşti, la 1/11 iunie 1591; fiu legitim, din căsătoria tatălui său cu Maria, fiica lui Lupe Huru. pârcălab de Hotin (1572-1574), sau poate nelegitim, dintr-o altă legătură a părintelui său, „i-au zis Surdul", desigur chiar în timpul vieţii. S-a presupus că pentru a obţine sprijinul influentului Andronic Cantacuzino la Poartă, s-a căsătorit "prin 1591" cu o fiică a acestuia. Poate aşa s-ar explica menţinerea lui Mihai Viteazul (1558-1601), nepotul de soră al lui Andronic, in sfatul său domnesc, ridicat la rangul de mare postelnic şi mare ban (locţiitor), iar ulterior, în afara acestuia, ca mare agă.
La 24 aprilie/4 mai 1591 se anunţă de la Constantinopol că, se înţelege, înaintea acestei date domnia a fost dată unui fiu al lui Ion Vodă, tocmai Ştefan Surdul, care a întâmpinat mari greutăţi în achitarea sumei cu care şi-a cumpărat scaunul, angajându-se să plătească datoriile la Poartă ale lui Mihnea Turcitul.
Piatra de mormânt a jupaniţei Caplea a lui Stan spătarul din Corbi, din biserica mănăstirii Cătălui, arată că aceasta a răposat „în zilele lui Ştefan vodă; (fiul lui Ion) voievod, luna mai 9 zile, în anul 7099 (1591)", adică la 9/19 mai 1591, când domnia lui Ştefan Surdul era cunoscută aici, lângă Dunăre, în vreme ce la Bucovăţul Vechi, cum am văzut, inscripţiile tombale ale jupâneselor Dobra şi Hrisafina, decedate în aceeaşi lună mai 1591, arată că aceasta s-a petrecut „în zilele lui Mihnea Vodă Turcul".
La 22 mai/1 iunie 1591 se anunţa de la Constantinopol că noul voievod a plecat spre ţară „cu puţine zile mai înainte, cu o puternică escortă" (Al. Ciorănescu), condusă de Curt aga, începându-şi domnia înainte de 1/11 iunie 1591, când se afla deja în Bucureşti, deci la sfârşitul lui mai. Afirmaţia cronicii săseşti (Chronicon Fuchsio—Lupino—Oltardinum) că ar fi intrat în Bucureşti abia la 13/23 iulie 1591 este, deci, eronată, şi astfel s-a menţinut în istoriografia românească până în zilele noastre.
După o înfruntare pentru domnia Moldovei între Aron vodă, fiul lui Alexandru Lăpuşneanu, mazilit la 18/28 aprilie 1592, şi aşa-zisul său nepot de frate, Alexandru cel Rău, care îşi zicea fiul lui Bogdan Lăpuşneanu, acesta din urmă a trebuit să se retragă din domnia moldovenească (iunie-iulie 1592) pentru a îngădui readucerea în scaun a lui Aron vodă, impus în primul rând de creditorii săi la Poartă. In schimb i s-a dat domnia Ţării Româneşti, în iulie 1592, de unde a fost scos Ştefan Surdul.
La 8/18 iulie 1592 agentul veneţian de la Poartă îl anunţa pe doge că Alexandru a fost înlăturat din domnia Moldovei, redată lui Aron vodă, la stăruinţele creditorilor acestuia, fiindu-i în schimb dată stăpânirea Ţării Româneşti, de care a fost privat cel ce domnea acolo (Ştefan Surdul, al cărui nume nici nu e amintit). Zvonul despre această schimbare de domni în Ţara Românească ajunsese chiar la Praga, unde nunţiul papal scria la 14/24 iulie 1592 că paşa de Bosnia l-ar fi ridicat pe Ştefan Surdul, trimiţându-l la Constantinopol.
In realitate, în Ţara Românească Ştefan Surdul a continuat efectiv să domnească. La 15/25 iulie 1592 el se afla la Bucureşti, întărind mănăstirii Sfânta Troiţă (Radu Vodă) un venit din sare. Chiar dacă prin hazardul vremii nu s-au păstrat alte documente de la acest efemer domn, nu e mai puţin adevărat că nici de la rivalul său, Alexandru cel Rău, nu se cunoaşte vreun act până la 1/11 decembrie 1592. In schimb, există un zapis din 6/16 august 1592 scris de „Standul logofăt sluga banului Mihai (Mihai Viteazul), în zilele lui Io Ştefan voevod", care arată că la această dată practic domnea încă Ştefan Surdul. In sfârşit, trebuie să ţinem seama de indicaţiile tuturor variantelor cronicii interne după care acesta „a stat la domnie 1 an şi jumătate" (Virgil Cândea, Letopiseţul Ţării Româneşti; Istoria Ţării Româneşti), adică de la sfârşitul lui mai 1591, inclusiv, până în octombrie 1592, de vreme ce la 29 octombrie/8 noiembrie 1592 firmanul emis la această dată pentru înlocuitorul său, Alexandru cel Rău, îl află pe acesta din urmă deja instalat în scaun.
Ştefan Surdul nu a ieşit „din arena istoriei încet, pe nesimţite", cum s-a crezut, ci chiar brutal. După un scurt exil în Chios, în noiembrie 1592 obţine domnia Moldovei, în locul lui Aron vodă, răzvrătit împotriva Porţii, cu sprijinul hanului, al lui Sinan paşa, şi al ajutorului acestuia, Curt Aga, care îl propusese de fapt. La 15/25 noiembrie 1594 la Poartă se aştepta „din zi în zi" să sărute mâna sultanului pentru a pleca spre Moldova, cu oaste turcească, ceea ce s-a întâmplat după 17/27 a lunii, expediţia fiind însă amânată două luni.
Campania pentru instalarea lui Ştefan Surdul în Moldova, în locul lui Aron vodă, şi a lui Ştefan Bogdan în Ţara Românească, în locul lui Mihai Viteazul (1558-1601), a avut loc la sfârşitul lui ianuarie 1595. La 2/12 februarie agentul englez de la Poartă anunţa înfrângerea oştii turco-tătare care îi aducea peste Dunărea îngheţată. Ştefan Surdul cu trupe turceşti a înaintat pe la Silistra, dar la trecerea Dunării îngheţate a fost înfrânt de trupe munteanotransilvane, ca de altfel şi Ştefan Bogdan în zona Rusciucului. Cu această ocazie „însuşi Ştefan voievod s-a înecat în albia Dunării" (ipse autem Stephanus Voivoda in glacie Danuby substitit), care îi atribuie însă multe din acţiunile pretendentului Ştefan Bogdan, fiul lui Iancu Sasul. Insă după relatarea lui Petra Armeanul, consemnată de Şt. Szamoskozy, Ştefan Surdul cu 8 000 de oşteni turci ar fi fost înfrânt chiar de Mihai Viteazul „la Dunăre, în partea Brăilei", „pierind acolo şi Ştefan Vodă".