Javier Bardem face parte dintr-o familie de actori care lucrează în filme încă de la începuturile cinematografiei spaniole. S-a născut în Las Palmas de Gran Canaria, Spania, din familia actriței Pilar Bardem (María del Pilar Bardem Muñoz) și a omului de afaceri José Carlos Encinas Doussinague. Bunicii săi materni au fost actorii Rafael Bardem și Matilde Muñoz Sampedro, iar unchiul său este scenaristul Juan Antonio Bardem.

A debutat în afacerea familiei, la vârsta de șase ani, când a apărut în primul său film, "El picaro" (1974) (cunoscut și ca "Ticălosul"). În timpul adolescenței, a jucat în mai multe seriale de televiziune, a jucat rugby pentru echipa națională spaniolă și a făcut turnee în țară cu o trupă de teatru independent.

Rolul de început al lui Javier în film ca armăsar sexy în comedia neagră Iubire Neîmplinită (1992) (aka Ham Ham) l-a propulsat la o popularitate instantanee și a amenințat să îl catalogheze ca fiind nimic mai mult decât un sex-simbol musculos. Hotărât să evite o imagine de "beefcake", el a refuzat roluri similare ulterioare și a continuat să fie aclamat pentru abilitatea sa de a apărea aproape de nerecunoscut de la un film la altul.

Cu peste 25 de filme și numeroase premii în palmares, interpretarea emoționantă și pasională a lui Javier în rolul scriitorului cubanez persecutat, Reynaldo Arenas, din Viata si epoca lui Reynaldo Arenas (2000), va rămâne mult timp în memoria sa ca fiind rolul său de debutant. A primit cinci premii pentru cel mai bun actor și o nominalizare la Oscar pentru cel mai bun actor pentru interpretarea sa.