Ştefănită Lupu l-a înlocuit pe tronul Moldovei pe Gheorghe Ghica (1658-1659), "artizanul" acestei schimbări fiind tatăl său, fostul domn Vasile Lupu (1634-1653), ale cărui intrigi la Constantinopol s-au dovedit eficace.
O foamete cumplită (1660), "suplinită" cu papură măcinată, l-a "consacrat" pe Ştefănită Lupu sub porecla de "Papură vodă".
În vara lui 1660, Ştefăniţă Lupu a poruncit să fie atacată urbea "căzăcească" Raszkow, unde locuia soră-sa Ruxanda, văduva lui Timoş Hmelniţki. Unii cercetători pretind că ea ar fi fost prizoniera cumnatului ei, Iurie Hmelniţki, alţii, că ar fi refuzat să se întoarcă în Moldova la solicitările tatălui şi fratelui ei.
Rezultatele campaniei au fost altele decât cele aşteptate. La începutul anului următor (1661) Cazacii l-au pus în Scaun pe fostul domn al Tari Românesti, Constantin Şerban (1654-1658), care i-a "furat" tronul pentru scurt timp (ianuarie-februarie 1661), după cum o mai făcuse inainte de instalarea lui Stefănită (octombrie noiembrie 1659).
La mijlocul lui februarie 1661 Ştefăniţă, împreună cu protectorii săi, îl învingeau ре uzurpator la Tătăraşi. În ziua de 17 februarie 1661, Vodă acorda deja o danie boierului Grigore Lupu.
Domnia lui Ştefăniţă se consolida treptat; se crease iluzia restabilirii în perspectivă a casei lui Lupu Coci. Dar moartea tatălui său, a pus capăt carierei domneşti al acestui voievod. La 19 septembrie 1661, din cauza unei febre tifoidale Ştefan Lupu s-a stins din viaţă la Bender-Tighina. La finele lunii Înalta Poartă a instalat în Moldova un alt domn, ре Eustratie Dabija (1661-1665).
În afară de "Papură-Vodă", Ştefăniţă Lupu mai avea şi alte supranume (porecle) sau calificative, determinate de fizicul şi purtările sale: "Ştefan slăbănogul", "necoptu în vârsta sa", "dezmierdat şi inimos", "la mânie răpitoriu". Cronicarul muntean Radu Popescu susţinea că acest domn, "făcea lucruri copilăreşti, sau să zic mai bine nebuneşti" din care motiv "l-au (şi) otrăvit boierii".
