Noul domn, arătat de izvoarele vremii drept "fratele" lui Ioan (Nicoară) Potcoavă, nu însă şi al lui Ion Vodă cel Viteaz, era de fapt un alt frate vitreg al acestuia din urmă, doar după mamă, din familia armenească a acesteia, Serpega. Cu o oaste de circa 2000 de cazaci zaporojeni, între care şi hatmanul acestora Şah, el a intrat în Moldova la 3 februarie 1578, şi după o luptă "până seara" cu trupele turceşti comandate de Daud, beiul de Silistra (Istoriceskie sviazi, I. p. 152), alungând pe Petru Șchiopul, care s-a refugiat în Ţara Românească, a intrat în reşedinţa domnească din Iaşi la 9 februarie 1578 (Grigore Ureche, Letopiseţul).
Că este vorba despre începutul unei noi domnii, iar nu despre o simplă expediţie căzăcească de pradă, o dovedesc relatările vremii. Folosind un letopiseţ contemporan evenimentelor, Grigore Ureche vorbeşte de Alexandru vodă „carele au apucat scaunul la Iaşi şi au domnit o lună", de asemenea „Alixandru au intrat în laşi şi au şăzut în scaun, fevruarie 9" (Letopiseţul, p. 210-211). Şi nunţiul papal din Polonia, Laureo, aflase la 15 aprilie 1578 că fratele lui Potcoavă cu 1500 de cazaci, ocupând reşedinţa domnească, „a fost declarat Vodă". Insuşi Alexandru vodă trimitea un sol, Mihai Demetter, la principele Transilvaniei, Cristofor Bathorv, pentru a-i anunţa urcarea în scaun; La 19 martie 1578 socotelile Braşovului consemnând întoarcerea pe aici a solului "noului pseudo-voievod din Moldova" (des newen Weyda halb in der Molda) (Hurmuzaki).
Fiind frate atât după mamă cât şi după tată cu loan Potcoavă, noului Alexandru vodă i s-a spus, la vremea sa, "cu aceeaşi poreclă" (di simil cognomen), adică Alexandru Potcoavă.
Neavând destui oşteni pentru a alunga din Moldova trupele turceşti venite în ajutorul lui Petru Şchiopul, Alexandru Potcoavă s-a închis în reşedinţa domnească din Iaşi, care în a doua jumătate a secolului XVI era o adevărată cetate, bine întărită de puşcaşi din Transilvania, care abia apucaseră să se întoarcă din precedenta expediţie împotriva lui loan Potcoavă, au început asediul curţii domneşti. Inainte de 22 februarie 1578, între asediatori şi-a făcut apariţia şi Petru Şchiopul, cu ajutoare din Ţara Românească, astfel că Grigore Ureche notează că "Pătru vodă, de sârgu au strânsu oastea turcească şi muntenească şi ungurească, au încunjurat pe Alixandru în curte în Iaşi şi au bătut prejur curte, din câşlegi pănă la miiaze păresemi" (Letopiseţul, p. 211).
Daud paşa relatează pe larg peripeţiile asediului, care a devenit mai strict o dată cu sosirea puşcaşilor din Ardeal, despre lucrările genistice efectuate de ambele părţi, şanţuri căptuşite cu lemne, băşti etc., împuşcarea hatmanului Şah al zaporojenilor etc. (lstoriceskie sviazi, I, p. 152). Protopopul armean din Cameniţa notează: "cu cât se luptau cu atât îi învingea mai mult noul domn. Au pierit o mulţime de turci de asemenea şi valahi. Astfel merse două săptămâni; se luptau mereu, însă oamenii vechiului domn (Petru) erau neîncetat învinşi şi omorâţi". Oraşul Iaşi, din preajma curţii asediate "a ars şi tot ce aveau a fost prădat. Oamenii de vază au fost omorâţi" (H. Dj. Siruni, Mărturii armeneşti despre România, p. 279).
După 20 februarie 1578, când ştirea despre acţiunea lui Alexandru Potcoavă a ajuns la Constantinopol, sultanul Murad III a dat porunci categorice pentru stârpirea "tâlharului" care "a făcut o mare vărsare de sânge în Moldova şi a ocupat cetatea de scaun a Moldovei, oraşul Iaşi, şi s-a aşezat acolo", înconjurat din toate părţile de trupele sale. Luptele s-au intensificat, iar Alexandru Potcoavă, împuţinându-i-se praful de puşcă şi alimentele ("iarba şi bucăţile", la Grigore Ureche, Letopiseţul, p. 211), a hotărât să încerce o ieşire din cetatea laşului în noaptea de 12/13 martie 1578.
Acţiunea din noaptea de 12/13 martie 1578 a marcat sfârşitul domniei lui Alexandru Potcoavă. După chiar relatarea comandantului advers, Daud beiul de Silistra, nefericitul domn împreună cu oamenii săi, la orele 4 din noapte, au ieşit printr-o mică uşă şi trecând pe gheaţă lacul de lângă curte, s-au îndreptat spre pădurea Bârnovei, nădăjduind să scape. Simţiţi însă de asediatori, au fost urmăriţi, ajunşi şi împresuraţi la iezerul Ciorbeştilor, lângă satul Miroslava. In lupta care a urmat înainte de a se lumina de ziuă oastea lui Alexandru Potcoavă a fost înfrântă "pe toţi i-au surpat acolo", cei scăpaţi prin pădure au fost vânaţi, măcelăriţi sau aduşi legaţi. Prizonierii, începând cu Alexandru şi 20 dintre fruntaşii sau boierii lui, au fost scrişi în catastif.
Oastea beiului Daud a rămas la Iaşi încă două zile, 13 şi 14 martie 1578, adunând, după obiceiul turcesc, capetele inamicilor ucişi şi ale unora luaţi prizonier şi executaţi ("o mie de capete am tăiat" — afirmă Daud), între care se afla şi cel al logofătului Vasile Bălţatu, căsătorit cu o soră a lui Bogdan Lăpușneanu, care a slujit pe rând pe fraţii vitregi ai lui Ion vodă cel Viteaz, Creţul, loan şi Alexandru Potcoavă. Intre cei executaţi nu se afla însă acesta din urmă.
La 25 martie 1578 se ştia la Constantinopol că fusese prins, dar felul cum a murit, înainte de a ajunge la Poartă, nu e bine cunoscut. După Joachim Bielski ar fi fost tras în ţeapă, deşi Daud bei nu aminteşte aşa ceva în relatarea sa menţionată mai sus, şi nici Grigore Ureche nu preia această informaţie de la cronicarul polon. Alte relatări de la Poartă, poate mai bine informate, afirmă că a murit în timp ce era adus la Constantinopol, din pricina unei răni la cap, în orice caz, înaintea marelui divan împărătesc nu a fost adus; aici fiind prezentaţi, înainte de 15 aprilie 1578, doar peste o sută din oamenii săi, trimişi apoi la galere.
Oricum „Acestu Alixandru vodă au ţinut scaunul numai o lună" (Grigore Ureche, Letopiseţul, p. 211).