Alexandru zis, mult mai târziu, "cel Rău" se declara fiul lui Bogdan Lăpuşneanu, şi a fost admis astfel în istoriografia românească, deşi pe baza unor nepotriviri cronologice (discutabile, de altfel), s-a exprimat şi părerea că „poate să fi fost în alt chip înrudit cu dinastia Moldovei".
In competiţie pentru scaunul Moldovei, având sprijinul agăi ienicerilor în februarie 1584, cu Petru Şchiopul, care însă, cumpărând pe marele vizir, a obţinut să-i fie tăiate (în realitate doar crestate) nasul şi urechile în exilul său din Rodos, Alexandru revine la Constantinopol în 1591, după fuga lui Petru Şchiopul devenind aproape un an rivalul noului domn Aron vodă. Câştigă din nou sprijinul ienicerilor şi al marelui vizir Siavuş paşa, susţinut de ei, şi în acelaşi spirit se căsătoreşte, nu cu văduva lui Petru Cercel, cum s-a crezut, acea turcoaică "Sultana", botezată "Stanca", mama lui Marcu Cercel, ci cu protejata creştină a soţiei marelui vizir, descendentă după mamă din nobila familie Fieschi din Pera (Galata), cu care în 1583 Petra Cercel refuzase din motive personale să se căsătorească, care fusese oferită şi lui Aron, căsătorie care pentru Alexandru nu avea nimic înjositor, aducându-i sprijinul marelui vizir şi al soţiei acestuia.
La 18/28 aprilie 1592 se ştia la Poartă că Aron vodă a fost mazilit şi domnia Moldovei a fost dată lui Alexandru, care se angajase să dea un peşcheş extraordinar sultanului, în valoare de 200 000 de coroane. S-a vorbit chiar de promisiunea de 600 de poveri (900 000) de aspri. Inainte de 31 mai/10 iunie principele Transilvaniei era înştiinţat de sultan să nu îngăduie fuga lui Aron prin Ardeal, acesta fiind aşteptat la Poartă. Intre timp, la 28 mai/7 iunie 1592 Alexandru a sărutat mana sultanului, fiind deci domn învestit al Moldovei. Dar la începutul lui iulie 1592, sosind Aron vodă la Poartă, la 15/25 iunie, pentru a pleca de aici în exil la Alep, între creditorii săi şi cei ai noului domn, în principal ieniceri turbulenţi, a izbucnit un grav conflict, în urma căruia înainte de 8/18 iulie 1592 cei ai lui Aron au obţinut câştig de cauză: pentru a-şi putea plăti datoriile Aron fiind din nou confirmat în domnia Moldovei, iar Alexandru cel Rău a fost mutat în Ţara Românească, în locul lui Ștefan Surdul, învestirea sa în această nouă domnie având loc înaintea amintitei date de 8/18 iulie 1592.
Nu ştim ce l-a reţinut pe Alexandru cel Rău la Poartă după învestirea cu noua domnie muntenească din prima jumătate a lui iulie 1592, probabil problema strângerii de bani pentru plata peşcheşurilor. La Bucureşti a ajuns, adus de Ahmed aga, ginerele marelui vizir, în schimbul a 70.000 de coroane foarte probabil în cursul lunii octombrie, când efectiv a luat sfârşit domnia lui Ştefan Surdul, sau mai precis, după 6/16 august, când acesta din urmă mai era în scaun şi înainte de 29 octombrie/8 noiembrie 1592, când un firman al sultanului arată că Alexandru era deja instalat la domnie. Prin acest firman se poruncea noului domn să strângă pe lângă restul haraciului şi "darea ta (virgii) care este după obicei", adică peşcheşul ce trebuia dat la vistieria sultanului pentru instalarea în domnie, in valoare atunci de 100 de poveri de aspri, perceput şi în obiecte preţioase, dare introdusă cu zece ani în urmă, în 1582, de Mihnea Turcitul, devenită în acest răstimp obicei. De altfel, primul act păstrat de la Alexandru cel Rău este emis de abia la 1/11 decembrie 1592.
Incă de la început domnia lui Alexandru cel Rău s-a dovedit foarte apăsătoare pentru ţară. Cronica lui Baltasar Walther arată că acesta era cu "puţină bunăvoinţă faţă de supuşi [...] contractase multe datorii cu neputinţă de a fi răbdate, preţuite cam la 10 poveri de aur. Pe lângă aceasta, adusese o aşa mare mulţime de turci chiar în aceea ţară — şi până atunci destul de crunt lovită — încât (turcii) încercau să şi-o uzurpe ca pe o provincie ocupată definitiv; să asuprească cu noi feluri de jafuri şi cu o cruzime mai mult decât tiranică [...] cu cele mai mari silnicii pe locuitorii cu totul apăsaţi...". Fiscalitatea excesivă pentru achitarea celor 10 poveri de aur = 1.000.000 de galbeni (!) a afectat şi pe boierii ai căror supuşi au sărăcit. In plus, vechii boieri ai lui Mihnea Turcitul şi Ştefan Surdul, între care şi marele ban Mihai Viteazul (1558-1601), au fost înlocuiţi în bună măsură cu străini aduşi de Alexandru. Mulţi dintre cei care protestaseră au fost executaţi. Mihai însuşi e nevoit să jure că nu e fecior de domn, şi în cele din urmă, temându-şi viaţa, să fugă prin Transilvania la Constantinopol, unde, cu sprijinul vărului său dinspre mamă, influentul Andronic Cantacuzino, va obţine mai târziu el însuşi domnia.
Cronicarul contemporan Ştefan Szamoskozy relatează că Alexandru (printr-o inadvertenţă scrie Ştefan vodă) era un „tiran neîntrecut şi om fără milă, despre care se spune, că de câteori ieşea la câmp nu uita niciodată să taie câte un boier. Tăiat-a odată acasă, în ţară, şaptezeci şi cinci de boieri; aşa se spune". In mai 1593 are loc în ascuns o mişcare boierească, aceasta trimiţând o delegaţie la Poartă, care înainte de 30 mai/9 iunie se prezenta în divanul împărătesc „în numele întregii ţări declarând că nu mai pot suporta tirania voievodului şi apăsările insuportabile". Boierii nemulţumiţi acţionau în favoarea noului pretendent Mihai banul (Mihai Viteazul), care în mai fugise de la Craiova la curtea principelui Sigismund Bâthory.
O altă grupare boierească, aflată mai demult la Poartă, urmărea în mai-august 1593 aducerea în scaunul muntean a lui Petru Şchiopul, aflat în refugiul de la Bolzano (Bozen), în ţinuturile împăratului creştin, declarând că aceasta era şi voinţa sultanului şi a marelui vizir: „cătând la primejdiile ţării şi la ciobanii (cu sensul de oameni grosolani, nepotriviţi) care i s-au dat de când te-ai dus domnia ta şi au ruinat lumea ". Cum însă Petru Şchiopul era împiedicat de imperiali să vină la Poartă, şi el însuşi ar fi vrut să treacă mai degrabă în Polonia, Andronic Cantacuzino, secundat de vicarul patriarhal Nichifor Dascălul şi chiar de patriarhul Constantinopolului Ieremia II, a susţinut acordarea scaunului Ţării Româneşti lui Mihai Viteazul, păstrând încă în noiembrie 1593 sprijinul pentru cel al Moldovei în favoarea lui Petru Şchiopul.
La înlăturarea din scaun a lui Alexandru cel Rău, Andronic Cantacuzino, despre care patriarhul Ieremia II mărturisea că „ are acum trecere mare la împărăţie", a jucat un rol însemnat. La 14/24 noiembrie 1593 el relata lui Petru Şchiopul că l-a făcut pe banul Mihai domn al Ţării Româneşti: „văzând cerinţele vremii şi zăbavă din partea Domniei Tale şi văzând firea cea rea şi ticăloasă a lui Alexandru voievod şi intrigile lui, pe care nu le-am mai putut suporta".
Mazilirea lui Alexandru cel Rău a fost poruncită de Murad III în august-septembrie 1593, pentru că: „a avut loc acolo gâlceavă între tine şi ieniceri supuşii mei. Deoarece prin această faptă ai făcut nu numai să se hainească unii din ostile de ieniceri ci ai distrus şi ceata ienicerească, ai fost îndepărtat din voievodat". Mazilul e oprit de a veni la Poartă, trebuind să meargă direct la Galipoli, şi de acolo la Alep, iar după înlăturarea tulburărilor, dacă se va supune poruncilor sultanului „vei fi iarăşi demn să-ţi ocupi postul".
La 22 august/1 septembrie 1593 o altă poruncă turcească arată că la acea dată mazilirea sa era decisă la Poartă, unde se vorbea de înlocuitorul său. Iar la 27 august/6 septembrie 1593 la Constantinopol se ştia că Mihai a fost nominalizat în locul său, cu condiţia acceptării sale de către marele vizir Sinan paşa.
La 18/28 august 1593, când emite ultimul său act intern păstrat, Alexandru se afla încă la Bucureşti, dar puţin după aceasta soseşte aici un agă, trimis de la Constantinopol pentru a-l ridica. Data sosirii acestuia la Bucureşti e redată diferit, pe stil vechi, în variantele cronicii interne, desigur datorită copiştilor: 23 august/2 septembrie (Virgil Cândea, Letopiseţul Ţării Româneşti), 25 august/4 septembrie (Istoria Ţării Româneşti, ed. 1960), 29 august/8 septembrie 1593 (Cronica Buzeştilor, la Dan Zamfirescu, Contribuţii la istoria literaturii române vechi, Bucureşti, 1981), aceasta fiind înfăţişată, prin obişnuita contracţie a vechiului text al cronicii interne, drept cea a venirii de la Constantinopol alături de trimisul sultanului a lui Mihai Viteazul însuşi, ceea ce ştim că nu s-a întâmplat. Probabil Cronica Buzeştilor este cea care a păstrat data reală a sosirii dregătorului otoman cu vestea mazilirii domnului de la Bucureşti.
Pândit atent de creditorii, la Bucureşti Alexandru cel Rău a fost "arestat şi dus în lanţuri la Constantinopol" (captus est et vinctus ductus Constantinopolim), la 8/18 septembrie 1593, dată consemnată de cronica braşoveană, în ciuda poruncii sultanului, care, cum am văzut, îi ceruse să meargă prin Galipoli direct la Alep: „şi un timp să stai la Haleh". Pentru orice eventualitate, în caz că ar reuşi să fugă în Transilvania sau în Austria cu averile adunate, la 4/14 septembrie 1593 de la Poartă s-a poruncit şi principelui Sigismund Bathory să-l reţină.
Urma lui Alexandru cel Rău se pierde un timp la Constantinopol, unde a ajuns, împreună cu soţia sa italiană din Pera (Galata), sau poate cu a doua soţie „o grecoaică nepoata sa", dacă într-adevăr se va fi căsătorit cu aceasta, în mâinile creditorilor, care au făcut să fie reţinut aici până la achitarea datoriilor. S-a pretins că ar fi însoţit în iulie-octombrie 1595 oastea lui Kodja Sinan paşa în campania din Ţara Românească împotriva lui Mihai Viteazul, ceea ce nu este totuşi sigur.
Moartea i s-a tras în primăvara anului 1597 din pricina uneltirilor şi intrigilor sale prin care urmărea a obţine domnia Moldovei, în locul lui Ieremia Movilă. Pentru a-l compromite pe acesta, ar fi îndemnat pe cazaci să atace Moldova, reprezentantul lui Ieremia acuzându-l la Poartă că ar fi uneltit prin aceasta împotriva sultanului. Un raport veneţian din 2/12 aprilie 1597, ce relatează acestea şi care a cunoscut o largă difuzare, arată însă că părerea obştească la acea vreme era că l-ar fi „asasinat" vrăjmaşii săi cu o "scrisoare falsă" (desigur adresată cazacilor) înfăţişată sultanului, care ar fi poruncit să fie spânzurat. Există chiar o gravură a vremii reprezentând spânzurarea sa.
Cronica contemporană a lui Baltasar Walther confirmă această versiune, adăugând că a fost „arestat chiar în locuinţa sa (din Constantinopol); şi chiar acolo, pe loc, îmbrăcat în cele mai splendide veşminte, a pierit jalnic sugrumat în laţ, în duminica Floriilor, din anul 1597 (Palmarum Dominica Anni 1597), aşadar la 20/30 martie, când cade în 1597 Duminica Floriilor, după calendarul catolic pe stil nou, utilizat de cronicarul silesian, iar nu la "25 martie", cum s-a răspândit în istoriografia românească, după N. lorga, Pretendenţi domneşti, (de altfel, şi după calendarul ortodox, pe stil vechi, Duminica Floriilor cade la 1597 la aceeaşi dată 20/30 martie). Aceleaşi informaţii din cronica lui Baltasar Walther şi la istoricul englez al vremii Richard Knolles (Mihai Viteazul în conştiinţa europeană, II). Dispunând doar de cele două informaţii, e greu de ştiut dacă Alexandru cel Rău a fost "spânzurat" (stato impiecato), cum afirmă raportul veneţian din 2/12 aprilie, sau sugrumat cu laţul, cum aflase Baltasar Walther, ambele surse 316 — V MIHAI VITEAZUL fiind însă de acord asupra veşmintelor sale bogate, „de catifea şi aur", purtate cu această ocazie. Nu se ştie unde îi este mormântul. Nu este imposibil să fi fost „îngropat în pripă în vreo biserică din Constantinopol", cum credea N. Iorga (Mormintele domnilor noştri).
